cgi-bin 以外で cgi を動作させる場合、該当ディレクトリに .htaccess を作成してください。
以下 .htaccess の記述内容のサンプルとなります。
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Options +ExecCGI
AddType text/html cgi
AddHandler cgi-script cgi
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Options +ExecCGI
AddType text/html cgi
AddHandler cgi-script cgi
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